Министерство в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие функции в области водных отношений:

1. участвует в деятельности бассейновых советов;
2. разрабатывает и реализует государственные программы Ставропольского края по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Ставропольского края;
3. осуществляет в установленном порядке резервирование источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения;
4. осуществляет региональный государственный надзор в области использования и охраны водных объектов на территории Ставропольского края, за исключением водных объектов, подлежащих федеральному государственному надзору, а также за соблюдением особых условий водопользования и использования участков береговой полосы (в том числе участков примыкания к гидроэнергетическим объектам) в границах охранных зон гидроэнергетических объектов, расположенных на водных объектах, подлежащих региональному государственному надзору за их использованием и охраной в порядке, установленном Правительством Ставропольского края;
5. участвует в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов;
6. осуществляет меры по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в государственной собственности Ставропольского края;
7. осуществляет меры по охране водных объектов, находящихся в государственной собственности Ставропольского края;
8. вносит в установленном порядке в Правительство Ставропольского края предложения:

   а) об утверждении перечней объектов, подлежащих региональному государственному надзору в области использования и охраны водных объектов на территории Ставропольского края;

   б) об установлении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Ставропольского края, а также порядка расчета и взимания такой платы;

9. осуществляет предоставление водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Ставропольского края, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением водоемов, которые полностью расположены на территории Ставропольского края и использование водных ресурсов которых осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации, включенных в перечень таких водоемов, установленный Правительством Российской Федерации, а также случаев, когда предоставление водного объекта, находящегося в федеральной собственности, в пользование осуществляется для обеспечения обороны и безопасности государства;
10. осуществляет меры по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Ставропольского края, за исключением водоемов, которые полностью расположены на территории Ставропольского края и использование водных ресурсов которых осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации, включенных в перечень таких водоемов, установленный Правительством Российской Федерации;
11. осуществляет меры по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Ставропольского края, за исключением водоемов, которые полностью расположены на территории Ставропольского края и использование водных ресурсов которых осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации, включенных в перечень таких водоемов, установленный Правительством Российской Федерации;
12. организует в установленном порядке осуществление контроля за выполнением требований правил пользования водными объектами для плавания на маломерных судах в Ставропольском крае;
13. устанавливает порядок расчета вероятного вреда, который может быть причинен жизни, здоровью физических лиц, имуществу физических и юридических лиц на территории Ставропольского края в результате аварии гидротехнического сооружения;
14. согласовывает расчет вероятного вреда, который может быть причинен жизни, здоровью физических лиц, имуществу физических и юридических лиц на территории Ставропольского края в результате аварии гидротехнического сооружения;
15. утверждает проекты округов и зон санитарной охраны водных объектов, используемых для питьевого, хозяйственно-бытового водоснабжения и в лечебных целях;
16. устанавливает границы и режимы зон санитарной охраны источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения;
17. устанавливает на местности границы водоохранных зон и границы прибрежных защитных полос водных объектов, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Ставропольского края, за исключением водных объектов, установление на местности границ водоохранных зон и границ прибрежных защитных полос которых отнесено к полномочиям федеральных органов исполнительной власти;
18. выдает разрешение на создание искусственного земельного участка на водном объекте, находящемся в федеральной собственности и расположенном на территории Ставропольского края, за исключением случаев, когда создание искусственного земельного участка планируется для обеспечения обороны страны и безопасности государства либо водные ресурсы водного объекта, полностью расположенного на территории соответствующих субъектов Российской Федерации, используются для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации;
19. принимает решение о подготовке документации по планировке территории в планируемых границах искусственного земельного участка, созданного на водном объекте, находящемся в федеральной собственности и расположенном на территории Ставропольского края, в соответствии с законодательством Российской Федерации о градостроительной деятельности;
20. заключает договоры о создании искусственных земельных участков на водном объекте, находящемся в федеральной собственности и расположенном на территории Ставропольского края, инициатором создания которых выступило министерство либо физическое или юридическое лицо, организует и проводит аукционы на право заключения таких договоров.