В соответствии с письмом Росприроднадзора от 11.04.2016 № АС-06-01-30/6155 «О плате за негативное воздействие на окружающую среду» разъяснен порядок внесения платы за негативное воздействие на окружающую среду:

• субъекты малого и среднего предпринимательства исчисляют и вносят плату за 2016 год в срок до 1 марта 2017 года;
• при внесении плательщиками, не являющимися субъектами малого и среднего предпринимательства, ежеквартальных авансовых платежей необходимо обращать внимание, что одна четвертая часть суммы платы за негативное воздействие на окружающую среду от уплаченной за предыдущий год должна уплачиваться по определенным КБК, а при определении их размера учитываются суммы платы фактически уплаченные (а не начисленные) за I - IV квартал 2015 г.;
• по итогам года суммы переплат подлежат зачету в счет будущих платежей или возврату по заявлению плательщика;
• по итогам отчетного года в срок до 1 марта все плательщики исчисляют плату за негативное воздействие на окружающую среду в порядке, установленном Федеральным законом «Об охране окружающей среды»;
• в течение 2016 г. ежеквартальные авансовые платежи вносятся без подачи какой-либо отчетности, декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду плательщики должны будут представить в срок до 10 марта 2017 года;
• при размещении отходов на объектах размещения отходов, которые не оказывают негативного воздействия окружающую среду, плата за негативное воздействие не взимается;
• до принятия Постановления Правительства РФ о порядке подтверждения исключения негативного воздействия на окружающую среду объектов размещения отходов плата за негативное воздействие на окружающую среду подлежит исчислению и внесению в соответствии с действующим законодательством вне зависимости от включения объекта размещения отходов в государственный реестр объектов размещения отходов;
• до дня утверждения единого тарифа регионального оператора по обращению с ТКО на территории соответствующего субъекта РФ и заключения соглашения между органом государственной власти субъекта РФ и оператора плату за негативное воздействие на окружающую среду при размещении отходов, в том числе ТКО, должны исчислять и уплачивать юридические лица и индивидуальные предприниматели, при осуществлении которыми хозяйственной и (или) иной деятельности образовались данные отходы.